Στην Κύπρο, η Κυριακή των Βαΐων λέγεται Κυριακή της Ελίας. Ονομάζεται έτσι επειδή υπάρχει το παγκύπριο έθιμο να μεταφέρονται στις εκκλησίες κλαδιά από ελιά για να αγιασθούν μέσα στους ναούς μέχρι την ημέρα της Αναλήψεως του Χριστού. Αφού αγιασθούν και ξερανθούν μέσα στις εκκλησίες για 50 τόσες μέρες, τα φύλλα της ελίας χρησιμοποιούνται για το «κάπνισμα», δηλαδή το θυμίαμα του σπιτιού και άλλων χώρων, καθώς και για τα μέλη της οικογένειας καθ'όλη τη διάρκεια του χρόνου. Πιστεύεται ότι ο καπνός της αγιασμένης ελιάς ξορκίζει το κακό.
Σε μερικές περιπτώσεις όπως στο χωριό Άγιος Μάμας Λεμεσού, κόβεται ολόκληρο δέντρο ελιάς που ανήκει στην εκκλησιαστική περιουσία, και μεταφέρεται στην εκκλησία. Απ'αυτό παίρνουν οι Χριστιανοί φύλλα για το ολόχρονο θυμιάτισμά τους. Σε άλλες περιπτώσεις, τα κλαδιά της ελιάς μεταφέρονταν στις εκκλησίες την Μεγάλη Πέμπτη και παρέμεναν εκεί για να αγιασθούν επί 40 μέρες μετά την Ανάσταση.
Το έθιμο να στολίζονται οι εκκλησίες με κλάδους βαΐων καθιερώθηκε τον 9ο μ.Χ. αιώνα. Στην Κύπρο, όταν ο ιερέας διαβάζει το ευαγγέλιο της ημέρας στο προαύλιο της εκκλησίας, στο σημείο που αναφέρεται ότι «άλλοι δ'έκοπτον κλάδους από των δένδρων»,οι πιστοί κόβουν και πετούν μικρά κλαδιά ελιάς.
Συνηθισμένο επίσης είναι και το έθιμο να κατασκευάζουν κατά την Κυριακή της Ελιάς μικρό σταυρό με δύο φύλλα ελιάς, τον οποίο στερεώνουν οι πιστοί στο στήθος τους. Σε διάφερες περιοχές της Κύπρου στερεώνουν ένα κλαδί ελιάς στην είσοδο του σπιτιού ή στα παράθυρα.
